目前，墨子科教基金与南开大学物理学院建立了紧密的合作关系，基于教育部国家课题—物理学育人模式改革虚拟教研室（PT虚拟教研室），共同推动顶尖物理学家培养计划（FUTURE TOP SCIENTIST TRAINING PLAN FOR PHISICIST, 简称“FTST-P计划”)。
教育部虚拟教研室是基于现代信息技术的新型基层教学组织，通过信息化智慧教学手段，巧妙地融合了线上线下、虚实结合的教学研究活动和课堂教学实践，突破了时空的束缚，打破了校园的界限，为高质量的教研交流、高效的资源协同和高水平的教师发展提供了强大的支持。 南开大学物理学院是虚拟教研室的首批国家级试点单位，积极推动PT虚拟教研室工作。
PT虚拟教研室作为全国性的基层教学组织，以服务国内物理学科及跨学科综合素质人才培养为宗旨，汇聚国内大中小学物理教育工作者，共同致力于物理学术竞赛育人模式的发展，推动大中小学物理教师及科学教育教师育人水平的不断提升。 PT育人模式是“物理学术竞赛（Physics Tournament）育人模式”的简称，以生活相关的物理问题为核心，通过学生自主学习与研究，培养创新思维和实践能力，采用多样的教学评价方式进行考核。其教学研究改革主题聚焦于物理学术竞赛，以源于生活的开放性、综合性的物理问题为学习内容，采用学生自愿组队的方式，通过理论与实验的深入学习、设计、探索和研究，培养学生的创新思维和实践能力。考核方式则采用学术汇报和角色互换质疑的形式，教师扮演指导与评价的角色。 该模式涵盖多项竞赛活动，如中国大学生物理学术竞赛和中国高中生物理创新竞赛，以支持学生的全面发展。自2008年起，PT育人模式已在全国范围内被广泛应用于100余所优质中小学和300余所高校。在2023年12月，PT虚拟教研室荣获“教育部虚拟教研室教研方法典型”称号，而在2024年12月，更是斩获“教育部典型虚拟教研室”的殊荣。PT虚拟教研室始终保持开放态度，热烈欢迎热爱教育事业的大中小学教师、教育工作者，以及企业、科研院所团体加入。
